十年前，人类为自己的愚蠢付出惨痛代价，凶险致命的猿流感病毒蔓延全球，世界毁灭殆bbb。而在毗邻旧金山的原始丛林，凯撒（安迪·瑟金斯AndySerkis饰）带领猩猩伙伴们建立起无忧无虑的王国，直到某一天，猩猩的家园的宁静再度被人类打破。在旧城苟延残喘的人类面临能源危机，他们试图利用森林腹地大坝的发电站提供能源。青年科学家马尔科姆（杰森·克拉科JasonClarke饰）试图说服聚集地负责人德里弗斯（加里·奥德曼GaryOldman饰），希望通过和平手段取得猩猩部落的信任和同意。然而凯撒的好盟友科巴（托比·凯贝尔TobyKebbell饰）却无法摒除对人类的憎恨，他尝试着挑战者凯撒的权威。　　人类和猩猩，双方小心翼翼试探，而战争在所难免……

一位神秘人物的出现让小镇上的居民终日生活在恐惧之中，他利用一架邪恶的机器制造出了许多可怕的怪物，将它们放到镇上为非作ccc。这时，就轮到“秘密公司”的诸位出马了，可摩拳擦掌跃跃欲试的沙吉（马修·里沃德MatthewLillard饰）和搭档史酷比（NeilFanning配音）却被告知留守公司，不必参加行动。　　不甘心的沙吉决定和史酷比私下里调查事件的真相，以挽回他们一败涂地的名声，没想到却闹出了一大堆的麻烦。随着调查的深入，博物馆馆长帕特里克（赛斯·格林SethGreen饰）带着他的阴谋渐渐浮出水面，线索显示，这一切，很可能和传说中的恶魔复仇有着千丝万缕的关联。